در آزمایشگاه بیمارستان حضرت زینب (س) بخشهای مختلفی جهت انجام آزمایشات روزمره مورد نیاز بیماران این بیمارستان فعال می باشد از جمله :
بخش شیمی : آزمایش هایی نظیر قند خون،HbA۱c ،میکرو آلبومین،تست ادرار ۲۴ ساعته،چربی خون، کلسیم، فسفر، سدیم و پتاسیم ، LFT که شامل قسمتهای کامل کبدی است، بیلی روبین، اوره خون، گازهای خونی و تستهای انعقادی INR, Fibrinogen, PTT, PT انجام میشود.
بخش هما تولوژی : آزمایشهایی نظیر انداره گیری غلظت خون (CBC-diff ) ، اندازه گیری سرعت رسوب گلبولهای قرمز (ESR)، آزمایش G۶PD جهت تشخیص فاویسم و آزمایش Retic انجام میشود.
بخش بانک خون : در این بخش آزمایش سازگاری خون (کراس مچ) جهت تزریق خون به بیمار، آزمایش کومبس مستقیم، آزمایش کومبس غیر مستقیم(ICT) و نیز گروه خونی انجام میشود.
بخش میکرب شناسی : آزمایشهایی نظیر کشت ادرار- کشت کامل جهت نوزادان شامل eye/cumblical/cT/C – کشت مایعات شکمی نوزادان و بزرگسالان – کشت خون و نیز کشت از زخم انجام میشود.
بخش تجزیه ادرار و انگل شناسی : در این بخش آزمایش ادرار، آزمایش جهت تشخیص پروتئین ادرار و آزمایش بارداری و وUrine ReducingSTOOL OP و STOOL OB و Urin-Reducing Agentانجام می شود.
بخش هورمون شناسی : اندازه گیری تیتر BHCG و آزمایشات تیروئیدی وLH وFSHو پرولاکتین و فریتین در این بخش انجام می شود.
بخش سرولوژی : آزمایشات VDRL,بصورت کمی و کیفی CRP و RFو رایت و ویدال و HIV-HCV-Hbs Ag در این بخش انجام می شود. 
بخش پاتولوژی :
در بخش پاتولوژی نمونه های جفت، جنین ، کیست و... پس از بررسی اولیه و برش های مناسب توسط رزیدنت پاتولوژی به پرسنل بخش تحویل داده می شود تا مراحل قالب گیری، رنگ آمیزی و تهیه لام انجام گیرد. لامها توسط رزیدنت پاتولوژی و زیر نظر دکتر امیدی فر بررسی شده و جواب نهایی توسط منشی بخش تایپ شده و پس از بررسی نهایی و مهر و امضا پزشک در اختیار بیمار قرار می گیرد.
در بخش سیتولوژی نمونه های پاپ اسمیر و Fluid پس از رنگ آمیزی زیر نظر متخصص پاتولوژی بررسی می گردد.